Faites équipe, éliminez les méchants et améliorez votre figurine de ninja avec des équipements géniaux.
Dans ce jeu, des méchants attaquent le grand navire Destiny's Bounty, et les ninjas doivent défendre leur vaisseau ! Pour vaincre les méchants, vous devez libérer votre potentiel de ninja. Améliorez vos compétences et collaborez avec vos compagnons ninjas, en utilisant vos capacités uniques pour contrecarrer les plans des méchants visant à conquérir le navire.
 
Plus précisément, au début du jeu, vous choisissez une aventure. Chaque aventure présente un niveau de difficulté et une configuration différents, ainsi que des rebondissements qui obligent les joueurs à s'adapter et à aborder chaque aventure de manière différente.
 
Les méchants tentent d'atteindre des zones clés du navire, et s'ils y parviennent, vous les ajoutez à la piste des méchants. Si cette piste se remplit, les ninjas perdent la partie.
 
Pour gagner, les ninjas doivent notamment boire du thé, lire des bandes dessinées et vaincre des méchants. Ce faisant, leurs pistes de victoire se remplissent et débloquent des améliorations sous forme de meilleurs spinjitzu et de cartes de potentiel qui confèrent des capacités spécifiques à un personnage. Le choix de vos cartes et votre capacité à coopérer seront essentiels pour remporter la victoire.